Centrum Onkologii im. prof. F. Łukaszczyka w Bydgoszczy wdrożyło Zintegrowany System Zarządzania, na który składają się:

• System Zarządzania Jakością wg wymagań normy EN ISO 9001:2008,
  
• System Zarządzania Środowiskowego wg wymagań normy ISO 14001:2009,
• System Ekozarządzania i Audytu EMAS wg wymagań Rozporządzenia 1221/2009 Rozporządzenie z dnia 25 listopada 2009 r. dopuszczające dobrowolny udział organizacji w systemie ekozarządzania i audytu we Wspólnocie (EMAS),
  
• System Zarządzania Bezpieczeństwem i Higieną Pracy wg wymagań normy PN-N-18001:2004,
  
• Akredytacji wg standardów akredytacyjnych.

Zintegrowany System Zarządzania funkcjonuje w zakresie:

• świadczenia usług medycznych, profilaktyki, diagnostyki i skojarzonego leczenia nowotworów,
• świadczenia usług unieszkodliwiania odpadów medycznych.

Centrum od 2000 roku posiada status szpitala akredytowanego przyznany przez Radę Akredytacyjną Centrum Monitorowania Jakości w Ochronie Zdrowia. W kwietniu 2009 roku po raz czwarty przeprowadzono weryfikację wdrożonych standardów.

W czerwcu 2010 roku Centrum uzyskało pozytywny wynik auditu recertyfikującego, który został przeprowadzony przez TUV NORD Polska.

Centrum Onkologii jest pierwszą organizacją ochrony zdrowia w Polsce, która wdrożyła wymagania Rozporządzenia Nr 1221/2009 Parlamentu Europejskiego z dnia 25 listopada 2009 r. dopuszczające dobrowolny udział organizacji w systemie zarządzania środowiskowego i audytu we Wspólnocie (EMAS) oraz zastało zarejestrowane w systemie EMAS - REG.NO.PL-2.04-001-2

W dniu 5 lutego 2010 w Warszawie odbyła się Uroczysta Gala, podczas której wręczone zostały statuetki i certyfikaty Laureatom wybranym przez Narodową Radę Ekologiczną w XI Edycji Narodowego Konkursu Ekologicznego "Przyjaźni Środowisku" organizowanym pod Honorowym Patronatem Prezydenta RP Lecha Kaczyńskiego. Centrum Onkologii im. prof. Franciszka Łukaszczyka w Bydgoszczy otrzymało w niniejszym konkursie tytuł "Mecenasa Polskiej Ekologii".

Narodowy Konkurs Ekologiczny "Przyjaźni Środowisku" organizowany jest już od dziesięciu lat pod Patronatem Honorowym Prezydenta RP. Organizatorem Głównym Konkursu jest Centrum Wspierania Inicjatyw Pozarządowych. Idea Konkursu opiera się na założeniu, że promowanie obywatelskich postaw proekologicznych ma równie fundamentalne znaczenie jak wdrażanie przyjaznych środowisku technologii, toteż w Konkursie oceniane są zarówno innowacyjne projekty dotyczące rozwiązań technicznych i inwestycji w dziedzinie ochrony środowiska, jak i przedsięwzięcia z zakresu edukacji ekologicznej.